۳۴۱ نتیجه برای Protein
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
اهداف: پروتئیناز K یک اندوپپتیداز خارج سلولی است که توسط قارچ تریتیراچیوم آلبوم لیمبر (Tritirachum album Limber) ترشح میشود و متعلق به رده سریناندوپپتیدازها است. این آنزیم در مطالعات مربوط به پروتئینها کاربرد دارد. هدف مطالعه حاضر بررسی اثر اوره، گوانیدینهیدروکلراید و سه حلال آلی متانول، اتانول و ایزوپروپانول بر فعالیت سینتیکی آنزیم پروتئیناز K بود.
مواد و روشها: در مطالعه تجربی حاضر مطالعات سینتیکی با دستگاه اسپکتروفتومتر UV-Vis، در دمای °C۴۰، pH برابر ۷/۴ و غلظتهای مختلف سوبسترا، اوره و گوانیدینهیدروکلراید انجام شد.
یافتهها: اوره در غلظتهای یک و ۲مولار موجب کاهش Vmax و Km آنزیم شد، ولی در غلظتهای بالاتر مانند ۳ و ۴مولار فعالیت آنزیم را افزایش داد. گوانیدینهیدروکلراید بر فعالیت آنزیم اثر مهارکنندگی داشت، بهطوری که در غلظتهای یک، ۲ و ۳مولار موجب کاهش در Vmax و Kmشد و بهعنوان مهارکننده نارقابتی برای آنزیم عمل کرد. حلالهای آلی متانول، اتانول و ایزوپروپانول در غلظتهای پایین اثر فعالکنندگی و در غلظتهای بالا اثر مهاری بر فعالیت سینتیکی آنزیم پروتئیناز K داشتند.
نتیجهگیری: اوره در غلظتهای پایین اثر مهاری و از غلظت ۲مولار به بالا اثر فعالکنندگی بر فعالیت آنزیم دارد، ولی گوانیدینهیدروکلراید در تمامی غلظتها اثر مهاری نشان میدهد و میتوان از آن بهعنوان یک مهارکننده آنزیم نام برد. اثر حلالهای آلی متانول، اتانول و ایزوپروپانول روی فعالیت آنزیم پروتئیناز K به درصد حجمی- حجمی آنها بستگی دارد؛ آنها در درصدهای پایین باعث فعالشدن آنزیم میشوند، ولی در درصدهای بالا اثر مهاری دارند، بهطوری که متانول زیر ۳۰%، اتانول و ایزوپروپانول کمتر از ۵۰% آنزیم را فعال میکنند.
دوره ۹، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: اسکلروتینیا از بیماریهای قارچی مهم آفتابگردان در ایران است که عملکرد این محصول را تحت تاثیر قرار میدهد. هدف پژوهش حاضر بررسی محتوای پرولین، پروتئین کل و الگوی الکتروفورزی پروتئین در آفتابگردان در واکنش به بیماری قارچی اسکلروتینیا اسکلروتیوروم بود.
مواد و روشها: در پژوهش تجربی حاضر محتوای پرولین، پروتئین کل و الگوی الکتروفورزی پروتئینی لاینهای حساس و مقاوم آفتابگردان (C۱۰۰ و C۳۹) در زمانهای مختلف پس از آلودگی با جدایههای قارچی اسکلروتینیا اسکلروتیوروم (SSKH۴۱ و SSU۱۰۷) تحت شرایط کنترلشده و بهصورت فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی با ۳ تکرار و ۱۸ نمونه در داخل هر تکرار، بررسی و با گروه شاهد مقایسه شدند. تفکیک و جداسازی پروتئینهای کل استخراجشده با سیستم الکتروفورزی سدیمدودسیلسولفات- ژل پلیآکریلآمید )SDS-PAGE (صورت گرفت. دادهها با نرمافزار SPSS ۲۲ از طریق آزمون تحلیل واریانس چندمتغیره و آزمون توکی تحلیل شدند.
یافتهها: لاین مقاوم C۳۹ در تمامی زمانهای پس از آلودگی، میزان پرولین بیشتری در مقایسه با شاهد و سایر گروهها داشت. میزان پروتئین کل گیاهان شاهد در مقایسه با گیاهان آلودهشده با هر دو جدایه قارچی بیشتر بود. آلودگی قارچی باعث تجمع پروتئینهایی با وزن مولکولی پایین در هر دو لاین شد، بهطوری که تعدادی از پروتئینها در لاین مقاوم تولید و تعدادی از آنها در لاین حساس حذف شدند.
نتیجهگیری: لاین مقاوم C۳۹ آفتابگردان آلودهشده با جدایه قارچی SSU۱۰۷ اسکلروتینیا اسکلروتیوروم، بیشترین میزان پرولین را دارد. آلودگی قارچی بهخصوص در لاینهای مقاوم باعث کاهش میزان پروتئین کل و تجمع پروتئینهایی با وزن مولکولی پایین در لاین مقاوم و حساس میشود.
دوره ۹، شماره ۲ - ( ۲-۱۳۹۹ )
چکیده
چکیده
مقادیر ترکیب شیمیایی در بدن آبزیان به نوع تغذیه، محیط زندگی، سن و جنس موجود زنده بستگی دارد. از طرفی دانستن میزان ترکیبات شیمیایی به انتخاب گونه مناسب برای تغذیه انسان و صنایع غذایی کمک می نماید. در این بررسی میزان تغییرات کیفیت گوشت ماهی کپور پرورشی در وزنهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور تعداد ۲۵ عدد ماهی کپورپرروشی ۲ ساله در طی سال دوم پرورش از گروههای مختلف وزنی از ۵۰۰ گرم تا ۱۶۰۰ گرم مورد بررسی قرار گرفتند. اندازهگیری میزان پروتئین، چربی، خاکستر و ماده خشک گوشت ماهیان در آزمایشگاه مواد غذایی انجام پذیرفت. نتایج بررسی نشان داد که میانگین پروتئین گوشت ماهی کپور پرورشی ۱۰۶/۲±۲۰۹/۱۰ درصد، چربی ۹۳۷/۰±۴۲۹/۹ درصد، خاکستر ۱۹۸/۰±۴۰۷/۱ درصد و ماده خشک ۶۲/۱±۰۳/۲۱ درصد میباشد. ضمن اینکه نتایج تحقیق حاضر بیان می¬کند که بین فاکتورهای کیفی گوشت ماهی کپور پرورشی در وزنهای مختلف تفاوت معنی داری وجود ندارد (P> ۰,۰۵). نتایج تحقیق حاضر نشان می دهد هیچ ارتباطی بین ترکیبات مغذی (پروتئین، چربی، خاکستر، ماده خشک) گوشت و وزن ماهی کپور معمولی و جود ندارد و وزن ماهی تاثیری بر کیفیت گوشت آن ندارد، بنابراین هیچ تفاوتی در گوشت ماهی کپور در اوزان مختلف از لحاظ ارزش غذایی وجود ندارد.
دوره ۹، شماره ۳ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۹ در پیشرفت روند بسیاری از بیماریها مانند پریودنتیت، آترواسکلروزیس و سرطانها نقش بسزایی دارد. یکی از روشهای پایداری آنزیم استفاده از حلالهای فرازودگداز است. هدف این پژوهش، بررسی اثر حلال فرازودگداز روی پایداری و ساختار آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۹ با هدف درمانی بود.
مواد و روشها: در پژوهش تجربی حاضر، آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۹ فرم فعال (۷۰۷-۱۰۷ توالی رزیدوی آمینواسیدی) با استفاده از وکتور بیانی pET۲۱a در باکتری اشریشیا کلی سویه BL۲۱ بیان و تخلیص و ریفولدینگ آنزیم توسط روش گرادیان شیب اوره بهطور همزمان روی ستون نیکل سفارز انجام شد. سپس تاثیر حلال فرازودگداز بر پایه کولینکلراید و گلیسرول با نسبت مولی ۱:۱ بر فعالیت، پایداری و ساختار آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۹ بررسی شد. فعالیت آنزیم در غلظتهای مختلف ژلاتین در حضور حلالهای فرازودگداز ۱۵ و ۳۰% حجمی/حجمی در ۷/۸=pH برای بهدستآوردن Vmax و km با رسم نمودار میکائیلیس- منتن و استفاده از نرمافزار Prism version ۵.۰ مورد بررسی قرار گرفت.
یافتهها: با افزایش درصد حلالها تا ۳۰%، فعالیت ویژه آنزیم افزایش یافت و پس از آن روند کاهشی داشت و در حضور حلال ۳۰% حجمی/حجمی در دو دمای ۵۰ و ۶۰ºC در مقایسه با حلال ۱۵% و عدم حضور حلال دارای فعالیت باقیمانده بیشتری بود. نتایج نشاندهنده پایداری بیشتر آنزیم در حلال ۳۰% بود.
نتیجهگیری: آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۹ در حضور حلال فرازودگداز ۳۰% حجمی/حجمی بر پایه کولینکلراید و گلیسرول دارای بیشترین فعالیت و پایداری است. افزایش پایداری حرارتی آنزیم را میتوان به فشردگی ساختار آن در حضور حلال فرازودگداز نسبت داد.
دوره ۹، شماره ۳ - ( ۵-۱۳۹۹ )
چکیده
هدف از این تحقیق تولید ایزوله پروتئینی از ضایعات ماهی قزلآلای رنگین کمان و بررسی خواص تغذیهای، ساختاری، کاربردی و حسی آن بود. ایزوله پروتئین ماهی با روش تغییر pH با استفاده از pHهای قلیایی و اسیدی تولید گردید. پروتئین استخراج شده از نظر ارزش غذایی، خواص کارکردی، خواص حسی، رنگ و تغییرات ساختاری مورد بررسی قرار گرفت. پروتئینهای استخراج شده ارزش غذایی نسبتا" بالایی را در مقدار اسید آمینه ضروری نشان دادند. میزان حلالیت ، ژلدهی و ظرفیت کفکنندگی پروتئینها به طور معنیدرای به pH آن بستگی داشت. به طوری که درصد حلالیت و ظرفیت کفکنندگی پروتئینهای استخراج شده در شرایط قلیایی میزان بالاتری را نسبت به شرایط اسیدی نشان داد در حالیکه کمترین غلظت تولید ژل مربوط به pH ۵/۱۱ بود. بررسی و مقایسه خصوصیات رنگی و حسی پروتئینهای ایزوله شده نشان داد که در pH اسیدی رنگ روشنتر و سفیدتر و خواص حسی بهتری را نسبت به پروتئینهای ایزوله شده در pH قلیایی داشتند. تغییر pH باعث تخریب گسترده پروتئین شد که توسط FTIR و SEM نشان داده شد. نتایج فوق نشان داد ایزوله پروتئین ضایعات ماهی قزلآلای رنگین کمان تولید شده دارای ویژگیهای عملکردی و تغذیهای مناسبی در شرایط قلیایی است در حالی خواص حسی و رنگ شرایط اسیدی نتایج بهتری را نشان داد.
دوره ۹، شماره ۴ - ( ۵-۱۳۹۹ )
چکیده
دوره ۹، شماره ۴ - ( ۱۰-۱۴۰۲ )
چکیده
دوره ۹، شماره ۳۴ - ( ۲-۱۳۹۱ )
چکیده
چکیده
فعالیت آنتی اکسیدانی بسیاری از عصاره های گیاهی با میزان ترکیبات فنولی آنها مرتبط است. در این تحقیق ترکیبات فنولی میوه دو واریتهی بلوط Q.branti var persica (Q.b) و Q.castaneifolia var castaneifolia (Q.c) با متانول (۸۰%) استخراج گردید. پس از تغلیظ با تبخیر کنندهی چرخان، عصارهها توسط خشک کن انجمادی به پودر خشک تبدیل شدند. مقدار ترکیبات فنولی پودر حاصله با روش فولین سیو کالتو اندازهگیری و بر حسب میلی گرم اسید تانیک در گرم عصاره بیان گردید. واریتهی کاستانیفولیا حاوی مقادیر بیشتری از ترکیبات فنولی بود (۶۵/۲۱۷ میلیگرم در هر گرم عصارهی پودر شده). فعالیت آنتی اکسیدانی عصارهها در پایداری روغن آفتاب گردان با اندازهگیری اعداد پراکسید و تیوباربیتوریک اسید تحت شرایط تسریع شده مورد ارزیابی قرار گرفت و با آنتی اکسیدانهای سنتزی مقایسه شد. برای این منظور عصارهها در سه سطح غلظت (۲۵۰، ۵۰۰ و ۱۰۰۰ پیپیام) و آنتی اکسیدانهای سنتزی در دو سطح غلظت (۱۰۰ و ۲۰۰ پیپیام) به روغن افزوده شدند. هر دو عصاره توانستند اکسیداسیون روغن را در دمای c°۷۰ به تاخیر بیاندازند. مقدار اعداد پراکسید و تیوباربیتوریک اسید نمونهی شاهد در روز دوازدهم به ترتیب به ۸۸/۳۲۸ میلی اکی والان پراکسید و ۵۸/۰ میلی گرم مالون آلدهید در هر کیلو گرم روغن رسید در حالیکه این مقادیر برای نمونه های روغن حاوی ۱۰۰۰ پیپیام عصارهی متانولی Q.c، ۳۶/۱۷۶ و ۳۳۲/۰ و برای Q.b، ۲/۱۸۳ و ۳۷۴/۰ بود.
دوره ۹، شماره ۳۶ - ( ۸-۱۳۹۱ )
چکیده
چکیده
پوشش های خوراکی، لایه نازکی هستند که روی سطح مواد غذایی قرار می گیرند و به عنوان محافظ عمل می کنند. فیلم ها و پوشش های خوراکی تهیه شده از پلیمرهای طبیعی بخصوص پروتئین در سال های اخیر مورد توجه قرار گرفته اند. هدف از انجام این تحقیق، بررسی امکان تولید فیلم خوراکی از ایزوله پروتئین نخود و تعیین اثر غلظت ایزوله پروتئین نخود و غلظت پلاستی سایزر روی برخی ویژگی های فیلم خوراکی است. بدین منظور با استفاده از طرح مرکب مرکزی چرخش پذیر، تاثیر ایزوله پروتئین نخود در غلظت های ۴ تا۱۰ گرم و پلاستی سایزر گلیسرول در محدوده۴۰ تا۶۰ درصد وزن ایزوله پروتئین نخود، برآزمون های فیزیکی و کیفی فیلم خوراکی نظیر نفوذپذیری نسبت به بخار آب، میزان حلالیت فیلم و میزان شفافیت فیلم ها در pH=۹,۵ مورد بررسی قرار گرفت .نتایج نشان داد که درصد پلاستی سایزر در محدوده مورد مطالعه اثر معنی داری روی نفوذ پذیری به بخارآب دارد؛ همچنین افزایش غلظت پروتئین باعث افزایش میزان نفوذپذیری نسبت به بخار آب در سطح آماری(P<۰.۰۱) شد. افزایش غلظت پلاستی سایزر، سبب افزایش انحلال فیلم ها گردید و همچنین افزایش غلظت ایزوله پروتئین نخود باعث کاهش شفافیت فیلم ها گردید.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: روشهای تخریب سلولی مختلفی برای استخراج پروتئینهای داخل سیتوپلاسمی وجود دارد. هدف مطالعه حاضر انتخاب بهترین روش استخراج پروتئین امتزاجی نوترکیب تریپاراتید از میزبان باکتریایی اشریشیا کلی و دستیابی به بهترین شرایط تخلیص آن بود.
مواد و روشها: در مطالعه تجربی حاضر، سلولهای باکتری با روشهای سونیکاسیون با دورهای متفاوت، لهکردن در نیتروژن مایع، هموژناسیون تحت دو فشار مختلف و روش شیمیایی شکسته شدند. نمونههای مربوط به رسوب و محلول رویی حاصل از هر روش، در ژل سدیمدودسیلسولفات الکتروفورز شدند. سلولهای شکستهشده در محیط کشت لوریا برتانی جامد کشت و بهروش گرم رنگآمیزی شدند. کروماتوگرافی تمایلی نیکل برای خالصسازی پروتئین در شرایط واسرشته و غیرواسرشته بهترتیب با شیب pH و غلظت ایمیدازول به کار رفت. تمامی نمونهها روی ژل سدیمدودسیلسولفات- پلیاکریلآمید برده شدند و محاسبه میزان پروتئین تخلیصشده با آزمون میکروبرادفورد صورت گرفت.
یافتهها: در دورهای ۲۰ و ۲۵دور در دقیقه بخش زیادی از پروتئین امتزاجی وارد بخش محلول شد. در روش لهکردن در نیتروژن مایع، پروتئینها بیشتر وارد بخش رسوب شدند. تخریب سلولها در روش شیمیایی کامل بود. شکستن سلولها با هموژناسیون تحت فشار ۵۰بار، بیشتر از ۱۵بار بود. در تخریب شیمیایی همراه با سونیکاسیون مقدار بسیار زیادی از پروتئین امتزاجی وارد بخش محلول شد. در شرایط غیرواسرشته هیچ پروتئین امتزاجی نوترکیبی با بافر جداسازی از ستون خارج نشد، اما در شرایط واسرشته مقدار زیادی از پروتئین تخلیص شد.
نتیجهگیری: در تخریب شیمیایی همراه با سونیکاسیون، ۷/۹۷% پروتئین کل به بخش محلول وارد میشود و تخلیص در شرایط واسرشته برخلاف شرایط غیرواسرشته بهطور مناسب و مطلوب صورت میگیرد.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
ویروس بیماری نیوکاسل (NDV) عامل عفونی طیف وسیعی از پرندگان بهویژه جوجهها است که همواره یک خطر جدی برای صنعت مرغداری است. این ویروس جزء خانواده پارامیکسوویریده بوده و بر سطح غشای ویروس گلیکوپروتئینهای فیوژن (F) و هماگلوتینین نورآمینیداز (HN) ساختارهای زائدهمانندی را تشکیل میدهد. از آنجا که در حالتهای حاد بیماری، زمان مرگ پس از ابتلا تنها حدود ۶-۲ روز است بنابراین ایجاد حفاظت و حضور آنتیبادیهای محافطتکننده در بدن پرنده بهمنظور پیشگیری از بیماری بسیار حائز اهمیت است. مشخص شده است که آنتیبادیهای تولیدشده علیه گلیکوپروتئینهای سطحی هماگلوتینین و پروتئین فیوژن، قادر به خنثیسازی NDV و جلوگیری از گسترش و فعالیت آن میشوند. در این پژوهش تجربی، اپیتوپهای ایمونوژن پروتئین F ویروس نیوکاسل بهطور مصنوعی ساخته شده و در میزبان پروکاریوتی اشریشیا کلی با استفاده از ناقل مناسب (pET۳۲a) بیان و بهمنظور بررسی ایمنیزایی در حیوان مدل (موش) از طریق تزریق، استفاده شدند. ایجاد ایمنی و افزایش تیتر آنتیبادیهای ویژه پروتئین F در سرم موشهای ایمنشده اندازهگیری شد. نتایج نشان داد که ایمنیزایی موشها با این پروتئین نوترکیب منجر به افزایش تیتر آنتیبادی از کلاس IgG شده و آنتیبادیهای سرمی تا رقت ۲۰۴۸۰۰/۱ نیز قادر به شناسایی پروتئین نوترکیب بودند. علاوه بر این تشخیص پروتئین نوترکیب F توسط سرم موش ایمنشده با واکسن تجاری و همچنین شناسایی ویروس سویه واکسن توسط سرم حیوان ایمنشده با پروتئین F نوترکیب توسط روش الایزا نشان داد که این پروتئین نوترکیب ضمن توانایی تحریک سیستم ایمنی حیوان مدل علیه ویروسهای عفونی محیطی، قادر است اپیتوپهای مشابه با سویه واکسن را نیز ارایه دهد.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
یکی از پروتئینهای غشای خارجی باکتری اشریشیا کلی (E. coli) OmpF است که امکان عبور یونها را میسر میسازد. در سالیان اخیر روشهای متنوع تجربی و تئوری برای مطالعه این پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه به منظور حفظ شرایط مرزی از دو غشای دولایه در یک جعبه شبیهسازی برای بررسی تغییرات کانال در حین عبور یونها استفاده شده است. غلظتهای یونی متفاوت در دو طرف غشا اعمال شده است تا شرایط شبیهسازی به شرایط واقعی باکتری بیشتر شباهت داشته باشد. در این شبیهسازی دو سیستم مشابه هم درون یک جعبه شبیهسازی قرار گرفتهاند. برای بررسی بیشتر در این دو سیستم جهتگیری کانال پروتئینی نسب به شیب غلظت یونی در هر دو جهت اعمال شده است. در این تحقیق به بررسی اینکه در انتقال یونی جهتگیری ارجح برای این کانال وجود دارد یا خیر پرداخته میشود. آنالیزهای ساختاری برای پروتئین در دو جهتگیری نشاندهنده تفاوت بین دو کانال است همچنین الگوهای مربوط به بررسیهای ساختار دوم با وجود پیکهای مشابه در برخی نقاط متفاوت بود. نتایج بررسی اسیدهای آمینه درون گذرگاه و حفره درون کانال نیز برای ساختار انتهایی پروتئین دوم متفاوت از ساختار انتهایی پروتئین اول بود. همچنین عبور یون در پروتئین دوم مشاهده نشد. نتایج نشانگر این است که یکی از کانالها که جهتگیری آن مشابه با جهتگیری واقعی این کانال در غشای باکتری است در طول این شبیهسازی ۱۰۰نانوثانیهای باز و عبور یون از آن قابل مشاهده و پیگیری است، در حالی که کانال دیگر که جهت آن برعکس آنچه در طبیعت وجود دارد، بسته شده که نشاندهنده اثرات شیب غلظت یونی روی کانال است.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۱-۱۳۹۹ )
چکیده
عرضه ماهی و محصولات دریایی به صورت تازه با مشکل فسادپذیری سریع و عمر ماندگاری کوتاه آنها همراه است. لذا روشهایی که بتواند عمر ماندگاری این گونه محصولات را افزایش دهند، همواره مورد توجه بوده است. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثرات پوشش خوراکی پروتئین آب پنیر حاوی نایسین در فیله ماهی سوف با چهار سطح ۱۰۰، ۲۰۰، ۴۰۰ و ۸۰۰ واحد بین المللی در هر گرم فیله ماهی به منظور افزایش زمان ماندگاری در دمای یخچال بود. برای این منظور آزمونهای رطوبت، عدد پراکسید، شاخص تیوباربیتوریک اسید، بار میکروبی، فعالیت آبی و pH روی فیله ماهیهای پوشش داده شده و فاقد پوشش صورت پذیرفت. نتایج نشان داد که با افزایش زمان نگهداری در تمامی تیمارها میزان عدد پراکسید، شاخص تیوباربیتوریک اسید، تعداد باکتریها، pH و فعالیت آبی نمونهها افزایش یافت که این افزایش در نمونههای پوششدار شده نسبت به نمونه فاقد پوشش کمتر بود. از طرفی یافتهها مشخص نمود که پوشش پروتئین آب پنیر و نایسین به خصوص در غلظت ۴۰۰ واحد بین المللی در هر گرم فیله ماهی میتواند تا ۱۶ روز نگهداری در مقایسه با نمونه فاقد پوشش سبب افزایش ماندگاری فیله ماهی سوف در دمای یخچال گردد. بر اساس نتایج بهدست آمده میتوان نتیجه گرفت که استفاده از پروتئین آب پنیر حاوی نایسین با غلظت ۴۰۰ واحد بین المللی در هر گرم فیله ماهی بهعنوان پوشش خوراکی در فیله ماهی سوف سبب افزایش ماندگاری آن در یخچال میگردد.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۴۰۲ )
چکیده
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۸ )
چکیده
به مجموعه ای از ماکرومولکولها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام میدهند، شبکه زیستی گفته میشود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمیافتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر میکند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکههای زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل همترازی محلی و سراسری شبکههای برهمکنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کاملبودن مساله همترازی سراسری، الگوریتمهای غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سالهای اخیر بهعنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی همترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگیهای زیستی را برای این منظور در نظر نمیگیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله همترازی سراسری شبکههای پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرمافزار BINGO و مفهوم هستیشناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم NetAl شود.
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۸ )
چکیده
با توجه به کاربرد گسترده پروتئینها در زمینههای مختلف علمی و صنعتی و عدم امکان استخراج بهینه و مقرونبهصرفه آنها از منابع طبیعی، بهترین راه چاره برای دستیابی به منبعی نامحدود از این مولکولهای پیچیده زیستی استفاده از تکنولوژی پروتئین نوترکیب است. طی دهههای گذشته پیشرفتهای حاصل در زمینه مهندسی ژنتیک و دستورزی موجودات مختلف منجر به توسعه شمار زیادی از سیستمهای بیانی برای تولید انواع مختلف پروتئینها بهصورت محلول و فعال زیستی شده است. امروزه یکی از مطرحترین سیستمهای بیان برای تولید پروتئینهای نوترکیب، ریزجلبکها هستند. ریزجلبکها گروه بزرگی از موجودات فتوسنتزکننده میکروسکوپی هستند که در اکوسیستمهای آبی زندگی میکنند. بیشتر پیشرفتها در این زمینه با استفاده از کلامیدوموناس رینهارتی (Chlamydomonas reinhardtii)، ریزجلبک یوکاریوتی تکسلولی و فتوسنتزکننده، بهعنوان موجود مدل حاصل شده است. در این مطالعه ابتدا سیستمهای بیانی مختلف و مزایای سیستم کلامیدوموناس رینهارتی مورد بررسی قرار گرفته، سپس به شرح تفضیلی ساختار و چرخه زندگی این جلبک استراتژیهای موجود برای مهندسی هر سه ژنوم هستهای، کلروپلاستی و میتوکندریایی آن بهمنظور تولید سویههای نوترکیب و انواع سیستمها و محیط کشتهای مورد نیاز برای کشت آن پرداخته و در پایان مراکز کشت و نگهداری ریزجلبکها، از جمله کلامیدوموناس رینهارتی در جهان را معرفی میکنیم.
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۱۱-۱۳۹۹ )
چکیده
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۲-۱۴۰۰ )
چکیده
هدف از این پژوهش، بررسی عملکرد آنتیاکسیدانی پروتئین هیدرولیز شده خیاردریایی(Holothuria leucospilota) و تاثیر آن بر خصوصیات میکروبی و شیمیایی سوریمی کپورنقرهای (Hypophthalmichthys molitrix) در دمای یخچال بود. هضم آنزیمی عضله خیاردریایی با استفاده از آنزیم آلکالاز (۵/۱ درصد وزن ماده اولیه، ۴ ساعت، دمای ۵۵درجه سانتیگراد) انجام شد. سوریمی از فیله کپورنقرهای تهیه و به آن دو غلظت ۵/۰ و ۱/۰ میلیگرم بر کیلوگرم پروتئین هیدرولیزشده خیاردریایی اضافه شد. فعالیت آنتیاکسیدانی، پراکسید(PV)، بازهای نیتروژنی فرار(TVB-N)، تیوباربیتوریک اسید(TBA)، pH، اسیدهای چرب فرار(FFA)، شمارش بار باکتریایی مزوفیل هوازی و باکتریهای سرمادوست در روزهای ۰، ۳، ۶، ۹، ۱۲ و ۱۵ انجام شد. میزان قدرت مهار رادیکالهای آزاد (DPPH) توسط پروتئین هیدرولیز شده خیاردریایی در دو غلظت ۵/۰ و ۱/۰ میلیگرم بر کیلوگرم به ترتیب ۲۴/۹۲ و ۱۱/۶۲ درصد بود که نسبت به آنتیاکسیدان تجاری BHT در همان غلظت مقدار بالاتری را نشان داد (p<۰,۰۵) میزان پراکسید در تیمار ۱/۰ میلیگرم بر کیلوگرم تا روز نهم و در تیمار ۵/۰ میلیگرم بر کیلوگرم تا روز دوازدهم در محدوده مجاز بود. نتایج بررسی TVB-N، TBA، FFA، بار باکتریایی مزوفیل هوازی و باکتریهای سرمادوست در هر دو تیمار و در روزهای بررسی از حد مجاز در نظر گرفته شده عبور نکرد. این مطالعه نشان داد پروتئین هیدرولیز شده خیاردریایی قادر به کنترل بار باکتریایی و فرآیند اکسیداسیون در سوریمی کپور نقرهای است. تیمارهای حاوی پروتئین هیدرولیزشده خیاردریایی نسبت به تیمار شاهد، توانستند ماندگاری سوریمی را ۹ روز افزایش دهند.
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۳-۱۴۰۱ )
چکیده
دوره ۱۰، شماره ۳ - ( ۶-۱۳۹۸ )
چکیده
گیاه تاتور(Datura stramonium) منبع غنی از تروپان آلکالوئیدهای اسکوپولامین و هیوسیامین بهعنوان آنتاگونیست رقابتی استیلکولین است. تجمع متابولیتهای ثانوی معمولاً در پاسخ به الیسیتورهای مختلف و مولکولهای سیگنالی اتفاق میافتد. در این پژوهش اثر عصاره مخمر بهعنوان الیسیتور زیستی بر تولید تروپان آلکالوئیدهای هیوسیامین و اسکوپولامین مورد بررسی قرار گرفت. بذرهای گیاه تاتوره پس از ضدعفونی سطحی در محیط کشت جامد MS نیمبرابر حاوی عصاره مخمر در غلظتهای (صفر، ۱/۵ و ۳گرم در لیتر) کشت داده شد. یک ماه پس از جوانهزنی، تولید تروپانآلکالوئیدهای گیاهچههای تاتوره با استفاده از کروماتوگرافی مایع با کارآیی بالا (HPLC) اندازهگیری شد. همچنین میزان پروتئین کل و فعالیت آنزیمهای آنتیاکسیداتیو کاتالاز و پراکسیداز به روش اسپکتروفتومتری تعیین شد. با توجه به نتایج، میزان وزن تر ریشه و بخش هوایی گیاهچههای تاتوره در غلظت ۱/۵گرم در لیتر عصاره مخمر بهترتیب حدود ۲ و ۴ برابر افزایش نشان داد. عصاره مخمر با غلظت ۱/۵گرم در لیتر، موجب افزایش حدود ۱/۷ برابری هیوسیامین در هر دو بخش ریشه و اندام هوایی و ۲/۵ برابری اسکوپولامین ریشه گیاهچههای تاتوره شد. علاوه بر این میزان پروتئین کل و فعالیت کاتالازی و گایاکولپراکسیدازی گیاهان تیمارشده با عصاره مخمر غلظت ۱/۵گرم در لیتر تقریباً مشابه گیاهان شاهد بود. در مجموع، عصاره مخمر با غلظت ۱/۵گرم در لیتر میتواند بهعنوان کاندیدای خوبی در گیاه تاتوره استرامونیوم برای افزایش میزان تولید هیوسیامین و اسکوپولامین با ارزش دارویی بالا باشد.