ارزیابی مدل های شبکه ارتجاعی در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها | ||
| مهندسی مکانیک مدرس | ||
| Article 10, Volume 16, Issue 1, 1395, Pages 81-88 PDF (972.7 K) | ||
| Authors | ||
| سیروس احمدی طوسی; رضا سهیلی فرد* | ||
| دانشگاه حکیم سبزواری | ||
| Abstract | ||
| تغییرات ساختاری پروتئین ها که در هنگام اتصال به لیگاند یا پروتئین های دیگر صورت می گیرد، نقش حیاتی در پدیده های بیولوژیکی ایفا می نماید. این گونه حرکات به صورت تجمعی و با فرکانس پایین بوده و آنالیز مود نرمال روش متداول جهت یافتن فرکانس ها و شکل مود ها می باشد. مطالعات گسترده ای جهت پیش بینی این حرکات با استفاده از مدل های مختلف پروتئین صورت گرفته است. از این میان، مدل های شبکه ارتجاعی با توجه به عدم نیاز به کمینه سازی انرژی پتانسیل و ساده بودن از مطلوبیت بالایی برخوردار است. با این وجود، تا کنون مطالعه جامعی در خصوص بررسی تاثیر پارامتر های مختلف این مدل ها در پیش بینی تغییرات ساختاری صورت نگرفته است. در این مطالعه تعداد 20 پروتئین با تغییرات ساختاری مشخص انتخاب شده و با ایجاد مدل های مختلف شبکه ارتجاعی، میزان موفقیت و اعتبار هریک در پیش بینی ساختار نهایی مورد بررسی قرار گرفته است. بر اساس نتایج این مطالعه سه مود اول هر مدل اغلب بیشترین نقش را در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها ایفا می کنند. علاوه بر این، انتخاب شعاع حدی مناسب تاثیر بیشتری نسبت به تابع پتانسیل در مدل شبکه ارتجاعی دارد. همچنین نتایج حاصله نشان می دهد از میان مدل های مختلف در نظر گرفته شده، مدلهای غیر نمایی با شعاع حدی 10 آنگستروم با وجود محاسبات مقرون به صرفه تر از دقت بیشتری در پیش بینی تغییرات ساختاری برخوردار می باشند. | ||
| Keywords | ||
| تغییرات ساختاری; مدل شبکه ارتجاعی; آنالیز مود نرمال; شعاع حدی | ||
|
Statistics Article View: 355 PDF Download: 533 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,186 |
| Number of Articles | 24,755 |
| Article View | 25,762,246 |
| PDF Download | 17,999,515 |