مدل‌سازی مولکولی فتوپروتئین نمیوپسین کایمر(PMC): با رویکرد بازیابی ساختاری و عملکردی لوپ EF-hand II

رمضانی, حانیه; کریمی تکرمی, زهرا; محمدی, امیر رضا; خاتمی, فاطمه; جعفریان, وهب

doi:10.48311/biot.2025.103432.0

	مدل‌سازی مولکولی فتوپروتئین نمیوپسین کایمر(PMC): با رویکرد بازیابی ساختاری و عملکردی لوپ EF-hand II
زیست فناوری
Article 4, Volume 16, Issue 4, Summer 1404, Pages 44-63 PDF (1.93 M)
Document Type: پژوهشی اصیل
DOI: 10.48311/biot.2025.103432.0
Authors
حانیه رمضانی¹; زهرا کریمی تکرمی¹; امیر رضا محمدی¹; فاطمه خاتمی²; وهب جعفریان^* ³
¹دانشجوی کارشناسی ارشد بیوشیمی، دانشکده علوم، دانشگاه گیلان، ایران
²دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشکده علوم، دانشگاه گیلان، ایران
³استاد گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه گیلان، ایران
Abstract
نمیوپسین 2 فتوپروتئینی تنظیم شونده با کلسیم دارای 207 باقی مانده آمینواسیدی و وزن مولکولی 24722 دالتون میباشد. در ساختار این فتوپروتئین موتیفهای EF-hand I-III-IV عملکرد خود در اتصال به کلسیم را حفظ کرده اما EF-hand II در طی تکامل فعالیت خود را از دست داده است. هر EF-hand دارای ساختار مارپیچ لوپ مارپیچ (HLH) میباشد. لوپها با طول 12 آمینواسید مسئول اتصال به کلسیم هستند. در این پژوهش جهت بازیابی ساختاری و عملکردی لوپ EF-hand II با استفاده از جهشزایی مبتنی بر تکامل و منطق مولکولی، فتوپروتئینPhotoprotein Mnemiopsin Chimer (PMC) دارای هفت جهش طراحی شد. ساختارهای جهش یافته توسط نرمافزارModeller v.10.4 مدلسازی شدند. سپس بهترین مدل با استفاده از نرمافزار Chimera x.1.8 و سرور های ModEval، SAVES جهت ارزیابی فراسنجه های RMSD، RRDistance، Z-Dope، Errat و Verify 3D ارزیابی شدند. همچنین ساختار دوم، انرژی آزاد و سطوح در دسترس مدلها توسط سرورVADAR بررسی شد. فراسنجه آبگریزی و ناپایداری توسط سرورهای Protscale و ProtParam ارزیابی شدند. نتایج Prosite بیانگر ایجاد لوپ EF-hand II در PMC میباشد. شایان ذکر است تغییرات آبگریزی سطحی موتیف EF-hand II بازیابی شده ممکن است برتعامل باکلسیم تاثیر بگذارد. در واقع به دلیل افزایش جایگاههای اتصال به کلسیم پیشبینی میشود، حساسیت به کلسیم و فعالیت PMC دچار تغییر شوند.
Keywords
بازیابی ساختاری; بیوانفورماتیک; پرتوزایی زیستی; جهش; فتوپروتئین
References

Statistics Article View: 169 PDF Download: 16

Statistics

Number of Journals	45
Number of Issues	2,196
Number of Articles	24,877
Article View	28,784,293
PDF Download	18,604,270