پیشبینی برهمکنش پروتئین-پروتئین بین ویروس و انسان با استفاده از شبکههای دوقلوی ناهمگون | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 4, Volume 16, Issue 2 - Serial Number 45, Winter 1404, Pages 42-57 PDF (906.6 K) | ||
| Authors | ||
| سارا محمدزاده1; زهرا قربانعلی2; محمدامین سهرابی2; فاطمه زارع میرک آباد* 2 | ||
| 1دانشگاه صنعتی امیر کبیر | ||
| 2دانشگاه صنعتی امیرکبیر | ||
| Abstract | ||
| عفونتهای ویروسی بیماریهایی هستند که توسط ویروسها پس از ورود به سلولهای میزبان و بر اثر همانندسازی به وجود میآیند. عفونتزایی، با ایجاد برهمکنش میان پروتئینهای ویروس و پروتئینهای سلول میزبان صورت میگیرد. از اینرو، شناسایی این برهمکنشها نقش بسزایی در جلوگیری، درمان و کنترل عفونتزایی دارد. با توجه به اینکه مطالعات آزمایشگاهی بسیار پرهزینه و زمان بر هستند، در سالهای اخیر محققان با استفاده از روشهای محاسباتی به پیشبینی برهمکنش میان پروتئینهای ویروس و انسان میپردازند. هرچند این روشها عملکرد مناسبی دارند، اما یکی از چالشهای اصلی آنها بهکارگیری نمایش مناسبی برای پروتئینها است که بتواند اطلاعات ساختاری آن ها را در بر داشته باشد. در این مقاله قصد داریم چارچوبی به نام PBS برای پیشبینی برهمکنش پروتئین-پروتئین بین ویروسها و انسان ارائه دهیم که از توانایی ترنسفورمرها برای نمایش پروتئینها استفاده مینماید. این مدل با بهکارگیری شبکههای عصبی دوقلو ناهمگون فضای نمایش را یکپارچهسازی میکند و درنهایت برهمکنش میان پروتئینهای ویروس و انسان را مدل مینماید. چارچوب PBS با کسب امتیاز ACC برابر با ۴۱/۸۱ ٪، امتیاز AUC-ROC برابر با ۳۵/۸۷٪، امتیاز AUC-PR برابر با ۷۸/۸۷٪، امتیاز F1 برابر با ۵۸/۸۱٪ و امتیاز Precision برابر با ۸۴/۸۰٪ عملکرد مناسبی از خود نشان میدهد. همچنین، توانایی مدل در پیشبینی برهمکنشهای بین پروتئینهای ویروس آنفولانزا H1N1 و انسان بهعنوان مورد مطالعاتی سنجیده میشود. | ||
| Keywords | ||
| برهمکنش پروتئین-پروتئین; ترنسفورمر; شبکههای عصبی دوقلو; فضای نمایش; ProtBert | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 205 PDF Download: 101 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,171 |
| Number of Articles | 24,674 |
| Article View | 24,436,205 |
| PDF Download | 17,551,337 |