مروری بر شناسایی ژنهای هدف میکروRNAها با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی در تحقیقات زیست پزشکی | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 8, Volume 12, Issue 4 - Serial Number 31, 1400, Pages 129-146 PDF (311.07 K) | ||
| Document Type: مروری تحلیلی | ||
| Authors | ||
| مریم کرائی; شمس الدین احمدی* | ||
| گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| Abstract | ||
| میکروRNAها گروهی از RNAهای غیر کدکننده کوچک هستند که بیان ژن در یوکاریوتها را در سطح پس از رونویسی تنظیم میکنند. میکروRNAها با تنظیم بیان تعداد زیادی از mRNAها، به عنوان تنظیم کنندههای اصلی فرآیندهای زیستی مختلفی مانند تکوین جنینی، تکثیر و تمایز سلولی و مرگ برنامهریزی شده سلول عمل میکنند. بنابراین شناسایی میکروRNAها و ژنهای هدفشان در شناسایی مکانیسمهای رشد و نمو و نیز فرآیندهای دخیل در ایجاد و پیشرفت بیماریها بسیار موثر است. به دلیل هزینهبر بودن کارهای تجربی مولکولی، شناسایی میکروRNAهای موثر از طریق روشهای بیوانفورماتیکی و زیستشناسی محاسباتی ارزانتر و سریعتر از روشهای معمول آزمایشگاهی است. تعدادی بانک اطلاعاتی و نرمافزار بر خط برای کمک به محققان در پیشبینی ژنهای هدف میکروRNAها توسعه یافته و آزادانه در دسترس قرار گرفتهاند. نرمافزارهای موجود برای پیشبینی ژنهای هدف میکروRNAها، از طیف وسیعی از اطلاعات توالییابی، دادههای مولکولی بیان ژن و نیز الگوریتمهای محاسباتی مختلف استفاده میکنند. تعدادی از مهمترین این ابزارهای برخط شامل miRWalk، TargetScan، RNAhybrid، Diana-microT، miRanda و MirTarget هستند. چهار ویژگی اصلی برهمکنش میان میکروRNA با mRNAهدف شامل جفتشدگی در ناحیه Seed، حفاظت شدگی توالی هدف، انرژی آزاد و دسترسی به مکان اتصال در رونوشت هدف، در الگوریتم تمامی این ابزارهای پیشبینی هدف میکروRNAها به کار گرفته شده است. هدف از این مطالعه بررسی آخرین یافتهها در مورد ویژگیها و تواناییهای بیوانفورماتیکی پیشبینی ژنهای هدف میکروRNA، مقایسه کارایی این ابزارها و در نهایت معرفی کارآمدترین ابزار در زمینه پیشبینی ژن هدف میکروRNAها برای تحقیقات بیوانفورماتیکی، زیست پزشکی و پزشکی مولکولی است. | ||
| Keywords | ||
| میکروRNA; بیوانفورماتیک; دادهپایگاههای RNA; ژن هدف; پردازشهای پس از رونویسی RNA | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 289 PDF Download: 113 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,171 |
| Number of Articles | 24,674 |
| Article View | 24,431,660 |
| PDF Download | 17,550,033 |