مقایسه ساختار سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز بهمنظور تعیین عوامل نشاندهنده پایداری گرمایی پروتئینها با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 4, Volume 11, Issue 3 - Serial Number 26, 1399, Pages 23-36 PDF (1.58 M) | ||
| Document Type: پژوهشی اصیل | ||
| Authors | ||
| کریم مهنام* 1; آذین مشرف قهفرخی2; حسینعلی رفیعی پور3 | ||
| 1دانشگاه شهرکرد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی | ||
| 2گروه سلولی مولکولی، دانشکده شیمی، دانشگاه کاشان، کاشان ، ایران | ||
| 3گروه سلولی و مولکولی دانشکده شیمی دانشگاه کاشان کاشان ایران | ||
| Abstract | ||
| گلوکوآمیلاز یک آنزیم مهم اقتصادی به دلیل تواناییاش درهیدرولیز نشاسته و پلیمرهای بتا دیگلوکز است. درک عوامل مؤثر در گرمادوستی یا سرمادوستی آنزیم گلوکوآمیلاز درتولیدایزوآنزیمهایی با مقاومت گرمایی یا سرمایی بالا ضروری است. دراین پژوهش، اثر دما روی تغییرات ساختاری هریک از ایزوآنزیمهای گلوکوآمیلاز معتدل دوست، گرمادوست و سرمادوست بوسیله روش شبیهسازی دینامیک مولکولی بررسی شد. درکل ۲۴۰ نانوثانیه شبیهسازی برای سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز در چهار دمای ۳۰۰، ۳۵۰، ۴۰۰ و ۴۵۰ کلوین انجام گرفت. تغییرات پارامترهای ساختاری در هرسه ایزوآنزیم مقایسه شد و مشخص گردید که از بین عوامل قابل محاسبه در شبیهسازی دینامیک مولکولی، انرژی الکتروستاتیک پروتئین با آب، انرژی واندروالسی بین پروتئین و آب، انرژی آزاد حلالیت(∆Gsolvation)، پارامترناپایداری، سطح دردسترس حلال غیرقطبی و سطح دردسترس کل بهترو دقیقتر میتوانند برای پیشگویی تغییرات پایداری گرمایی یک پروتئین در اثر افزایش دما بهوسیله شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده شوند. | ||
| Keywords | ||
| آنزیم گلوکوآمیلاز; معتدل دوست; گرمادوست; سرمادوست; شبیهسازی دینامیک مولکولی; پایداری گرمایی | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 250 PDF Download: 96 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,171 |
| Number of Articles | 24,674 |
| Article View | 24,436,944 |
| PDF Download | 17,551,607 |