چارچوب PRAF برای همترازی سراسری دو شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 19, Volume 10, Issue 2 - Serial Number 21, 1398, Pages 329-334 PDF (830.25 K) | ||
| Authors | ||
| فاطمه زارعمیرکآباد* ; زهرا قربانعلی | ||
| گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران | ||
| Abstract | ||
| به مجموعه ای از ماکرومولکولها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام میدهند، شبکه زیستی گفته میشود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمیافتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر میکند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکههای زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل همترازی محلی و سراسری شبکههای برهمکنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کاملبودن مساله همترازی سراسری، الگوریتمهای غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سالهای اخیر بهعنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی همترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگیهای زیستی را برای این منظور در نظر نمیگیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله همترازی سراسری شبکههای پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرمافزار BINGO و مفهوم هستیشناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم NetAl شود. | ||
| Keywords | ||
| بیوانفورماتیک; شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین; همترازی; هستیشناسی ژن; خوشهبندی | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 353 PDF Download: 168 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,250 |
| Number of Articles | 25,493 |
| Article View | 32,765,424 |
| PDF Download | 19,791,848 |