پیشگویی انعطافپذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده ماشین بردار پشتیبان | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 8, Volume 9, Issue 4 - Serial Number 19, 1397, Pages 549-555 PDF (602.27 K) | ||
| Authors | ||
| مژگان مظفریلقا1; سیدشهریار عرب* 2; جواد ظهیری2 | ||
| 1دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران | ||
| 2گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران | ||
| Abstract | ||
| اهداف: اطلاعات موجود در ساختمان پروتئینها برای درک چگونگی فعالیت آنها بسیار مفید است. انعطافپذیری یکی از مهمترین فاکتورهای ساختمانی مرتبط با عملکرد پروتئینها است. دانش درباره انعطافپذیری ساختارهای پروتئینی، کمک بزرگی به کیفیت پیشگویی ساختمان پروتئینها و درک عملکرد پروتئینها میکند. مطالعه حاضر با هدف بررسی پیشگویی انعطافپذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده از ماشین بردار پشتیبان انجام شد. مواد و روشها: در مطالعه حاضر از یک مجموعه داده متعادل ۹۵ پروتئینی استفاده شد. ویژگیهای استفادهشده در مطالعه حاضر برای مدلکردن اسیدآمینهها، یک بردار ۳۳ بعدی را تشکیل داد. برخی از آنها از لغزاندن پنجرهای به طول ۱۷ با مرکزیت اسیدآمینه هدف روی زنجیره پروتئین بهدست آمدهاند و برخی تنها مربوط به اسیدآمینه هدف بودند. برای تعریف فاکتور انعطافپذیری، ویژگیهای مبتنی بر اطلاعات حاصل از تغییرات زوایای دووجهی، استفاده شد. این اطلاعات برای هر اسیدآمینه با درنظرگرفتن موقعیت هر اسیدآمینه بهتنهایی و برای جفت اسیدآمینههای مجاور در یک پنجره هفدهتایی محاسبه و برای پیشگویی از روش ماشین بردار پشتیبان استفاده شد. یافتهها: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% به دست آمد. برتری قابل قبول روش پیشنهادی در مقایسه با روشهای موجود تایید شد. نمایش زاویهای هر پروتئین توانست بهخوبی خصوصیات و ویژگیهای ساختار سهبعدی پروتئین را نشان دهد. نتیجهگیری: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% است و بهترین نگاه به بحث انعطافپذیری، نگاه زاویهای است. نمایش زاویهای هر پروتئین میتواند بهخوبی خصوصیات و ویژگیهای ساختار سهبعدی پروتئین را نشان دهد. | ||
| Keywords | ||
| پیشگویی انعطافپذیری; تغییرات زوایای دووجهی; تئوری اطلاعات; ماشین بردار پشتیبان | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 542 PDF Download: 140 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,249 |
| Number of Articles | 25,480 |
| Article View | 32,554,501 |
| PDF Download | 19,666,985 |