معرفی ژن GRAP بهعنوان ژن نامزد عامل آلزایمر با استفاده از تحلیل دادههای ریزآرایه | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 14, Volume 9, Issue 2 - Serial Number 17, 1397, Pages 259-265 PDF (502.12 K) | ||
| Authors | ||
| سیدهزهرا پایلاخی1; سجاد ازگلی* 1; سید حسن پایلاخی2 | ||
| 1گروه کنترل، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران | ||
| 2گروه چشمپزشکی، دانشکده چشمپزشکی، دانشگاه کالیفرنیا، سانفرانسیسکو، ایالات متحده | ||
| Abstract | ||
| اهداف: شناسایی ژنهای دخیل در بروز یک بیماری، یکی از حوزههای مهم تحقیقات پزشکی است که به تشخیص مکانیزم بیماری و در پی آن تشخیص بهموقع و درمان بهتر بیماری کمک میکند. در سالهای اخیر فناوری ریزآرایه به دانشمندان علوم زیستی برای فهم فرآیندهای سلولی کمک شایانی کرده است. بدین منظور استفاده از روشهای کارآمد در تحلیل دادههای ریزآرایه بسیار کلیدی است. هدف مطالعه حاضر معرفی ژن GRAP بهعنوان ژن نامزد عامل آلزایمر با استفاده از تحلیل دادههای ریزآرایه بود. مواد و روشها: در مطالعه بیوانفورماتیکی حاضر که روی یک مجموعه داده ریزآرایه مربوط به آلزایمر شامل ۱۲۹۹۰ ژن، ۱۵ فرد بیمار و ۱۶ فرد سالم صورت گرفت، با ترکیب روشهای فیشر، تجزیه و تحلیل اهمیت میکروآرایه (SAM) و الگوریتم بهینهسازی ازدحام ذرات (PSO) و با استفاده از روش طبقهبندی و رگرسیون مبتنی بر درخت تصمیم (CART)، روش جدیدی بهمنظور تحلیل دادههای بیان ژن ریزآرایه، برای شناسایی ژنهای دخیل در بروز آلزایمر ارایه شد. یافتهها: سطح دقت مدل بهدستآمده ۹۰/۳۲% بود و ارزیابی نتایج از دیدگاه زیستی نشان داد که روش پیشنهادی موفق عمل کرده و در نهایت ۴ ژن ارایه کرده است که ۳ ژن از این ۴ ژن (۷۵%)، تاکنون بهعنوان ژنهای دخیل در آلزایمر در منابع زیستی معتبر گزارش شدهاند. نتیجهگیری: این مطالعه علاوه بر ارایه یک روش انتخاب ویژگی جدید و تلفیقی برای تحلیل دادههای ریزآرایه، یک ژن جدید (GRAP) بهعنوان ژن نامزد مرتبط با آلزایمر معرفی کرده است. | ||
| Keywords | ||
| ریزآرایه; درخت تصمیم; یادگیری ماشین | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 197 PDF Download: 87 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,171 |
| Number of Articles | 24,674 |
| Article View | 24,443,779 |
| PDF Download | 17,553,711 |