برهمکنش بین پپتید ضدمیکروبی پارداکسین با غشای DPPC به کمک شبیهسازی دینامیک مولکولی | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 3, Volume 9, Issue 1 - Serial Number 16, 1396, Pages 17-22 PDF (1.21 M) | ||
| Authors | ||
| فرحنوش دوستدار1; راحله اقدمی2; فرامرز مهرنژاد* 3; نادر چاپارزاده4 | ||
| 1گروه میکروبشناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران | ||
| 2گروه زیستشناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران | ||
| 3گروه مهندسی علوم زیستی، دانشکده علوم و فنون نوین، دانشگاه تهران، تهران، ایران | ||
| 4گروه زیستشناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران | ||
| Abstract | ||
| اهداف: بهدلیل ظهور مقاومتهای دارویی در سلولهای سرطانی علیه داروهای رایج، امروزه توجه زیادی به توسعه داروهای ضدسرطان با مکانیزمهای عملکرد جدید معطوف شده است. پارداکسین یک پلیپپتید نوروتوکسیک با خاصیت دوگانهدوستی است. هدف تحقیق حاضر بررسی برهمکنش پپتید ضدمیکروبی پارداکسین با غشای دولایه DPPC (متشکل از ۱و۲- دیپالمیتوئیل-اسان-گلیسرو-۳-فسفاکولین) مدل با استفاده از شبیهسازیهای دینامیک مولکولی بود. مواد و روشها: در مطالعه شبیهسازی حاضر شبیهسازیها برای محیطهای غشایی مختلف تحت شرایط pH خنثی طراحی شد. ابتدا سیستم عامل لینوکس برای نصب نرمافزار گرافیکی VMD ۱.۸.۶ (دینامیک مولکولی ویژوال) به کار رفت. سپس نرمافزار گرومکس ۴.۵.۵ برای انجام همه شبیهسازیها استفاده شد. ساختار pdb پپتید مورد نظر (۱XC۰) از بانک اطلاعاتی پروتئین تهیه شد و در شبیهسازی پپتید- لیپید از دولایه لیپیدی DPPC استفاده شد. یافتهها: در مدت ۵۰۰نانوثانیه شبیهسازی، پپتید به داخل غشا نفوذ کرد. در سیستم DPPC تعداد پیوندهای هیدروژنی بین پپتید و دولایه لیپیدی ابتدا افزایش پیدا کرد و سپس تا پایان شبیهسازی تقریباً ثابت باقی ماند و متناسب با تعداد پیوندهای هیدرژنی بین پپتیدها و آب بهمرور زمان کاهش پیدا کرد. پارداکسین با سطح غشا تماس و به غشا وارد شد. در حضور پپتید، ضخامت غشا و محدوده هر لیپید کاهش ولی ضریب نفوذ غشا افزایش یافت. نتیجهگیری: مکانیزم عمل پارداکسین به ساختار دولایه غشایی وابسته است، بهطوری که پپتید پارداکسین با سطح غشای دولایه لیپیدی DPPC تماس و به آن وارد میشود. | ||
| Keywords | ||
| شبیه سازی دینامیک مولکولی; پپتید ضد میکروبی; غشاء مدل | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 200 PDF Download: 92 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,160 |
| Number of Articles | 24,572 |
| Article View | 19,840,310 |
| PDF Download | 16,027,237 |