مطالعه تغییرات ساختاری پروتئین باکتریوردوپسین در اثر جذب امواج مایکروویو با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 2, Volume 7, Issue 1 - Serial Number 12, 1395, Pages 1-10 PDF (856.84 K) | ||
| Authors | ||
| فائزه متقی طلب1; سید شهریار عرب* 2; جعفر محمدیان1 | ||
| 1دانشگاه صنعتی مالک اشتر | ||
| 2استادیار دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس | ||
| Abstract | ||
| باکتریوردوپسین پروتئینی غشایی است که در هالوباکتریوم سالیناروم به عنوان پمپ پروتون وابسته به نور عمل میکند. این پروتئین شامل هفت زیرواحد مارپیچ آلفا (مارپیچهای A تاG )، یک صفحه بتا و یک کروموفور رتینال است. مطالعات نشان میدهد که پروتئین باکتریوردوپسین دارای خاصیت جذب امواج مایکروویو میباشد. یکی از رایجترین و اصولیترین روشهای مطالعه ماکرومولکولهای زیستی شبیهسازی دینامیک مولکولی است. با استفاده از این روش میتوان تغییرات و دینامیک ساختاری ماکرومولکولهای زیستی و کمپلکس آنها را مطالعه کرد. در پروژه حاضر، از مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده شده است. پس از مرحله تعادل و جهت بدست آوردن ساختارهای یکدست تر در مرحله تولید، شبیهسازی به مدت 15 نانوثانیه انجام شد، سپس به منظور بررسی مناطق مؤثر در جذب امواج مایکروویو شبیهسازی دینامیک مولکولی همراه با اعمال میدان الکتریکی به مدت زمان 786 پیکوثانیه که برابر با مدت زمان تناوب یک موج سینوسی در طیف رادار میباشد، روی کل ساختار پروتئین انجام شد. در نهایت، تغییرات کنفورماسیونی حاصل مورد بررسی قرار گرفت تا مناطق موثر در جذب امواج تعیین شود. مطالعه انجام گرفته نشان میدهد که امواج مایکروویو در فرکانس 8 گیگاهرتز و در بازه زمانی ذکر شده نمیتواند تغییرات ساختاری گستردهای را در پروتئین ایجاد کند. از سوی دیگر تغییرات ساختاری برگشتپذیری در مناطق صفحه بتا و مارپیچهای D ، C و B تحت تأثیر میدان مشاهده گردید. | ||
| Keywords | ||
| شبیهسازی دینامیک مولکولی; باکتریوردوپسین; جذب امواج مایکروویو | ||
|
Statistics Article View: 206 PDF Download: 80 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,160 |
| Number of Articles | 24,570 |
| Article View | 19,756,115 |
| PDF Download | 15,976,154 |