پیشگویی ساختار دوم RNA مبتنی بر روش اکتشافی | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 2, Volume 3, Issue 2 - Serial Number 4, 1391, Pages 13-20 PDF (243.37 K) | ||
| Authors | ||
| سهیلا منتصری1; نصرالله مقدم چرکری* 1; فاطمه زارع میرک آباد2 | ||
| 1دانشگاه تربیت مدرس | ||
| 2دانشگاه صنعتی امیرکبیر | ||
| Abstract | ||
| RNAها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد RNA به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای RNA مسئلهای اصلی در زمینهی زیستشناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتمهایی برایپیشگویی ساختار دوم RNA ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیشگویی دقیق ساختار دوم RNA بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفتبازهای مجاورارائه میدهیم. این الگوریتم برپایهی روش اکتشافی است که از یک ماتریسنقطهایبرای نشاندادن همهی جفتبازهای ممکنRNAاستفاده میکند. سپس استمها1 از ماتریسنقطهای استخراج میشوند و براساس طولشان به ترتیب نزولی و سپس استمهای با طول برابر براساسمیزان انرژی آزاد به ترتیب صعودی مرتب میشوند. سرانجام استمها بهترتیب برای تشکیل ساختار دوم انتخاب میشوند. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از دادهها از جمله CopA، CopT، R1inv، R2inv، Tar، Tar*، DIS، IncRNA54 و RepZ در باکتریها اجرا میگردد. نتایج آزمایشها دقت بالای الگوریتم پیشنهادی را که 71/95 درصد است، نشان میدهد. این الگوریتم در زمانکمتری نسبت به سایر روشها اجرامیشود. | ||
| Keywords | ||
| کمینهی انرژی آزاد; جفتباز; ماتریس نقطهای; استم | ||
|
Statistics Article View: 219 PDF Download: 80 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,196 |
| Number of Articles | 24,877 |
| Article View | 28,794,429 |
| PDF Download | 18,605,236 |