تجزیه بیان ژن به روش توالییابی RNA | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 13, Volume 10, Issue 4 - Serial Number 23, 1398, Pages 617-625 PDF (1.17 M) | ||
| Document Type: مروری سیستماتیک | ||
| Authors | ||
| معصومه شریفیعلیشاه1; رضا درویشزاده* ; محمد احمدآبادی2; یاسر پیریکشتیبان3; کریم حسنپور4 | ||
| 1گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران | ||
| 2گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران | ||
| 3گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، مرکز ملی مهندسی ژنتیک، تهران، ایران | ||
| 4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران | ||
| Abstract | ||
| رمزگشایی توالی DNA برای همه شاخههای علوم زیستی، حیاتی است. توالییابی نسل جدید (NGS)، رویکردی متفاوت در توالییابی است که تحولی عظیم در علم زیستشناسی ایجاد کرده و جنبههای مختلفی از مطالعات در سطح ژنوم، ترنسکریپتوم، اپیژنوم و متاژنوم را پوشش میدهد. در مقایسه با روشهای سنتی، نسل جدید توالییابی، با فراهمکردن پوشش بالای ژنومی، تفکیکپذیری در حد تکتک جفتبازها و رفع معایب نسل اول توالییابی (توالییابی سانگر)، روشی با کارآیی بالا برای آنالیز اطلاعات ژنومی و ترنسکریپتومی است. استفاده از نسل جدید توالییابی برای بررسی ترنسکریپتوم موجودات زنده مدل و غیرمدل از سالهای ۲۰۰۵ و ۲۰۰۶ پس از تجاریشدن دستگاههای شرکتهای مختلف مثل ABI/SOLiD Illumina، Roch/۴۵۴ Life Science و Solexa آغاز شده است. در سالهای اخیر تکنیک توالییابی RNA برای شناسایی ژنهای مرتبط با فرآیندهای رشدونموی و بررسی الگوهای بیان آنها در پاسخ به انواع تنشهای زیستی و غیرزیستی، در اندامها و مراحل متعدد رشدی در موجودات مختلف و همچنین میزان بیان ژنها، تفکیک ایزوفرمهای مختلف از یکدیگر، شناسایی امتزاج ژنها، یافتن چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP)، عناصر تکراری، وقایع اتصال جایگزین، پیداکردن اسیدهای ریبونوکلئیک غیررمزگر، پیداکردن اگزونهای ژنی و رونوشتهای جدید، مناطق غیرترجمهشونده (UTR)، جهشهای پیکری و غیره، بهطور گسترده استفاده میشود. روش توالییابی RNA شامل شناسایی نمونههای زیستی مناسب، استخراج RNAکل، غنیسازی RNAهای غیرریبوزومی، تبدیل RNA به cDNA و ساخت کتابخانههای توالییابی، انتخاب قطعات براساس اندازه، اضافهکردن لینکرها، استفاده از توالییابها یا پلتفرمهای با توان عملیاتی بالا بهمنظور تولید صدها میلیون خوانش کوتاه، استفاده از نرمافزارهای خاصی بهمنظور کنترل کیفیت و تطابق خوانشها با ژنوم مرجع یا ترنسکریپتوم، نقشهبردای و آنالیزهای پاییندستی است. | ||
| Keywords | ||
| بیان ژن; ترنسکریپتوم; NGS; توالییابی RNA | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 229 PDF Download: 125 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,174 |
| Number of Articles | 24,685 |
| Article View | 25,081,809 |
| PDF Download | 17,779,691 |