داکینگ سوبسترایی و مطالعه بیوانفورماتیک کدون های نادر ژن لوسیفراز Lampyroidea maculata | ||
| زیست فناوری | ||
| Article 3, Volume 11, Issue 2 - Serial Number 25, 1399, Pages 145-154 PDF (1.17 M) | ||
| Document Type: پژوهشی اصیل | ||
| Authors | ||
| مجتبی مرتضوی* 1; مسعود ترکزاده1; سامان حسینخانی2; صفا لطفی1; رحمان امام زاده3 | ||
| 1گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه ، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان | ||
| 2گروه بیوشیمی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران | ||
| 3گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان | ||
| Abstract | ||
| فرایند بیولومینسانس، یک پدیده گسترده در طبیعت بوده و آنزیمهای لوسیفرازی در بخشهایی گستردهای از حیات شناسایی شدهاند اما آنزیم لوسیفراز شناسایی شده در خانوادهlampyrid به دلیل ویژگیهای برتر کاربردهای زیستی گستردهای یافته است. به تازگی، کلونینگ یک ژن جدید از آنزیم لوسیفراز کرم شب تاب ایرانی با نام Lampyroidea maculata گزارش شده است. در این مطالعه، در این مطالعه، آنالیز کدونهای نادر از ژن لوسیفراز حشره شبتاب ایرانی با استفاده از پایگاههای محاسباتی ATGme، RACC،LaTcOm و Sherlocc مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، فرایند مدلسازی ساختاری این آنزیم انجام شد. در ادامه، وضعیت این کدونهای نادر در این مدل ساختاری به کمک نرمافزارهای SPDBV و PyMOL مورد مطالعه قرار گرفت. جایگاه اتصال سوبسترا در دهانه فعال آنزیم به کمک نرمافزارهای داکینگ AutoDock Vina بررسی شد. به کمک مدلسازی مولکولی، برخی از کدونهای نادر شناسایی شدند که ممکن است نقش مهمی در ساختار و عملکرد این آنزیم داشته باشند. فرایند داکینگ مولکولی به کمک AutoDock Vina انجام شد و Asp531 را که در اتصال به لوسیفرین و AMP نقش دارد شناسایی شد. این آنالیزهای بیوانفورماتیکی نقش مهمی در طراحی داروهای جدید دارد. | ||
| Keywords | ||
| لوسیفراز; کدون نادر; جایگاه اتصال سوبسترا; Lampyroidea maculata | ||
| References | ||
|
| ||
|
Statistics Article View: 260 PDF Download: 110 |
||
| Number of Journals | 45 |
| Number of Issues | 2,174 |
| Number of Articles | 24,685 |
| Article View | 25,079,409 |
| PDF Download | 17,778,274 |